อดีตผู้บังคับบัญชาการของหน่วย S.H.I.E.L.D. นิค ฟิวรี (ซามูเอล แอล. แจ็คสัน) ได้หลีกเลี่ยงศัตรูด้วยการหลบไปอยู่นอกโลกมาหลายปีแล้วได้พัฒนาระบบป้องกันใหม่สำหรับโลก เมื่อการเคลื่อนไหวและการรุกรานเริ่มมีขึ้นระหว่างสครูลล์ กับมนุษย์ พันธมิตรของสครูลล์ ทาลอส (เบน เมนเดลซอห์น) และทีมปฏิบัติการลับที่จะทำลายแผนชั่วร้ายและกอบกู้มนุษยชาติ